1964: The boss est renvoyée en URSS ou on lui demande d'assassiner The sorrow, son ancien amant et membre de l'unité Cobra passé du coté soviétique, sous la menace d'exécuter leur fils.De retour au USA, The boss crée l'unité FOX avec le major Zero et retourne ensuite en URSS ou elle reste comme agent dormant.
METAL GEAR SOLID 3 1964:
Mission vertueuse: Naked snake est envoyé en URSS pour délivrer le Dr Nikolai Stephanovich Sokolov, un scientifique de haut rang.
L'opération se solde par un échec, pricipalement en raison de la trahison de The Boss qui livre Sokolov a Yevgeny Borisovitch Volgin , le fils de Boris Volgin qui cherche a prendre le pouvoir en union soviétique. Il découvre également que le Shagohod char d'assaut gigantesque pouvant tirer des missiles nucléaires a tres longue portée sur lequel Sokolov étais contraint de travailler est presque opérationnel.Opération Snake Eater : suite au fiasco de la précédente mission, Naked Snake est renvoyé sur le lieu de son échec avec trois objectifs distincts:
secourir de nouveau Sokolov, éliminer Volgin et The Boss, et rapatrier l'Héritage des Philosophes dont Volgin a hérité de son père.
Pour avoir réussi a vaincre The Boss Naked Snake obtient le titre de Big Boss.
Il quitte FOX peu de temps apres par dégout pour la manière dont le gouvernement américain manipule et sacrifie ses soldats.
1965:Big Boss rencontre Frank Jaeger, alors enfant soldat dans la guerre d'indépendance du Mozambique.Il lui fais quitter les champs de battaille, mais ce dernier sera rapidement kidnappé par les Philosophes pour servir de cobaye pour leur projet du Soldat parfait.
MGS PORTABLE OPS 1970
Prise de San Hieronymo: une unité FOX dirigée par Gene déclenche une révolte et prend possession d'une base soviétique de lancement de missiles balistiques dans la péninsule colombienne de San Hieronymo.
Elle détourne également un nouveau type d'arme nucléaire et enlever Big Boss.Ce dernier parvient rapidement a s'échapper et s'allie avec roy campbell , un autre détenue pour contrecarrer les actions de FOX en recrutant progressivement une véritable petite arme sur place.
L'Héritage des Philosophes est volé au directeur de la CIA et est utilisé pour créer Les Patriotes une organisation rivale de celle des philosophes.